Il décide à l'âge de 24 ans de faire son apprentissage à l'Hôtel-dieu. Peu de temps après, il est chirurgien militaire lors des campagnes d'Italie. Pour sa première campagne, au Piémont, il devient le chirurgien de Monsieur de Montjean entre 1537 et 1538. C'est à cette occasion qu'il fit sa première découverte. Il trouva un remède contre la douleur chez les blessés par armes à feu. A la fin de la campagne, il suit Monsieur de Montejan à Turin. A l'automne 1538, son hôte décède. C'est alors qu'il décide de revenir à Paris. Il obtient le titre, entre 1540 et 1541, de maître barbier chirurgien à Paris. Le 30 Juin 1541, il épouse Jeanne Mazelin à Saint André des Arcs.

L'année suivante, en 1542, il devient, le temps du siège de Perpignan du 28 août au 4 septembre, le chirurgien de Monsieur de Rohan. En juin 1543, il est rappelé auprès de ce dernier lors de l'expédition de Bretagne au camp de Maroilles. En août 1545, il revient auprès de son patient, Monsieur de Rohan, pendant le siège de Boulogne lors duquel François de Guise sera blessé et soigné par Ambroise car victime d'une blessure de l'orbite oculaire considérée comme mortelle. Le duc sera désormais surnommé “le Balâfré” et la réputation d'Ambroise Paré définitivement établie. Le même mois, fut publié son ouvrage ''La méthode de traicter les playes faictes par hacquebutes''.

En juillet 1549, Monsieur de Rohan fait de nouveau appel à Ambroise Paré lors du siège de Boulogne. En août de la même année, est publié son ouvrage ''Briefue collection de l'administration anatomique''. Patient fidèle, Monsieur de Rohan rappelle Ambroise Paré en avril 1552 lors de l'occupation des villes de Verdun, Toul et Metz et du siège de Damvillers. C'est lors de ce dernier qu'il mettra en pratique pour la première fois la ligature des artères lors d'amputation. Cette technique innovante remplace dès lors la cautérisation au fer rouge et sauve la vie des patients. Avec sa découverte, il évite aux malades de ne pas décéder d'hémorragie importante. Le 26 juillet, il revient à Paris mais pour peu de temps. En effet, en août, il devient le chirurgien d'Antoine de Bourbon à Château le Comte. Le 31 août, Charles IX le rencontre à Reims et fait de lui son chirurgien ordinaire. En juin - juillet 1553, il se trouve à Hesdin, ville assiégée par les Impériaux et le duc de Savoie. Le 17 juillet, il y est fait prisonnier. Après une courte détention, il est libéré et retourne à Paris. Le 17 décembre 1554, le Collège de Saint Côme le nome maître en chirurgie. Le 12 août 1557, il est appelé pour soigner les blessés de la défaite de Saint Quentin. Le 29 juin 1559, il se trouve avec Vésale au chevet de Henri II.

Le 1^er janvier 1562, il est nommé premier chirurgien du Roi c'est aussi le début de la première guerre religieuse à laquelle Ambroise participe en qualité de chirurgien avec l'armée royale. Du 26 septembre au 26 octobre 1562, Rouen est assiégé. Le 15 octobre, le roi de Navarre est blessé. Il devient alors son patient. Malheureusement, le souverain décède peu de temps après, le 17 novembre. Charles IX décide de faire son tour de France entre le 24 janvier 1564 et le 1er mai 1566. Ambroise Paré le suivra pendant son long périple. En février 1564, sont publiés ''Dix livres de la chirurgie''. A la fin du voyage de Charles IX, il retourne à Paris.

En mars 1572, est publié son ouvrage des ''Cinq livres de chirurgie''. Entre le 22 et 23 août 1572, Paré soigne Coligny victime d'un attentat. La nuit du 24 sera sanglante : c'est celle de la Saint Barthélemy. Coligny assassiné, il s'enfuit de la chambre de l'amiral.

En 1573, est publié son ouvrage ''Deux livres de chirurgie''. Le 4 novembre, il devient veuf. Le 18 janvier 1574, il se remarie avec Jacqueline Rousselet à Saint Séverin. Le 30 mai, Charles IX décède. C'est Henri III qui monte sur le trône. Il devient, de ce fait, le chirurgien de Henri III. Un an plus tard, en janvier 1575, il part soigner, à Nancy, la duchesse de Lorraine. Le 22 avril, ses ''Oeuvres Complètes'' sont finies d'imprimer mais la Faculté fait entendre son opposition à sa parution. Le 2 février 1579, la 2^ème édition de ses Oeuvres Complètes sort des presses d'imprimerie.

Un parti de citoyens non jureurs ou libertins résiste à ses exhortations. En 1538, ils obligèrent Farel, Calvin et leurs suivants à quitter Genève pour Strasbourg. Calvin épouse alors Idelette de Bure, qui mourra quelques années plus tard.

Les idées de Calvin sont à bien des égards rétrogrades: il voit la terre au centre de l'univers, les femmes comme accessoires de l'homme. Il ne tolère pas les résistances, fut-ce de ses propres amis. Gouet, Bolsec sont poursuivis pour impiété et le premier exécuté en tout pas moins de 58 sentences capitales et 76 bannissements sont prononcés entre 1550 et 1555.

Castellion qui en tient pour ses idées de tolérance doit s'exiler. Michel Servet, poursuivi par l'Inquisition en France, croit trouver à Genève de la compréhension en 1553. Calvin le fit juger derechef et brûler vif pour hérésie. La musique, le théâtre, le bal et la vie mondaine sont proscrits. Il vit en ascète et s'inflige des privations et une vie dépourvue de confort malgré une santé chétive et des migraines continuelles. Il trouve encore le temps de soutenir avec énergie et intransigeance la cause de la Réforme en France au colloque de Poissy en 1561. Il meurt en 1564 et est inhumé au cimetière des Rois de Plainpalais.