C’est le 14 décembre 1215 que le pape Innocent III ouvre le quatrième concile du Latran Ce concile marque l'apogée de la chrétienté médiévale et de la papauté après l'effort de renouveau inauguré par Grégoire VII 150 ans plus tôt.

Il constitue l'apothéose d'Innocent III. Systématisant l'idée répandue depuis Grégoire VII, il affirme en une synthèse solidement charpentée la suprématie du pouvoir spirituel sur le temporel et le droit du pape d'intervenir dans la vie intérieure des États pour y faire respecter la loi divine. Il s'efforcera sans trêve d'imposer cette théocratie au monde chrétien. Ce concile prononcera la déchéance de Raymond VI dont les domaines sont attribués à Simon de Montfort, nouveau comte de Toulouse.

Les sculpteurs et les peintres commencent à exalter la beauté du corps féminin, qui revêt au choix l'apparence de la vierge Marie ou d'Ève, la première femme. Dans les églises se répand le culte de Marie tandis que dans les cours seigneuriales ou royales, les troubadours et les poètes chantent l'amour érotique. Les femmes de haut lignage prennent part à l'art poétique et participent à l'exercice du pouvoir, à l'égal de leur mari ou en remplacement de celui-ci. Les exemples les plus connus sont ceux d'Aliénor d'Aquitaine et de son arrière-petite-fille Blanche de Castille, mère de saint Louis et régente du royaume de France.                                                             

Le concile de Latran IV ne s'en tient hélas pas au droit du mariage et au statut de la femme, il impose aussi aux Juifs et aux musulmans le port d'un insigne distinctif. Il condamne enfin les doctrines vaudoise et cathare qui sanctifient la pauvreté et le renoncement aux valeurs matérielles. Mais ces valeurs évangéliques retrouveront toutefois leur place dans l'église officielle grâce aux Ordres mendiants de Saint François d'Assise et de Saint Dominique de Guzman qui s'épanouissent à cette époque.

Dès son élection à la papauté, le 8 janvier 1198, à l'âge de 37 ans, Innocent III a entrepris de soumettre les rois à sa volonté en revendiquant la primauté de l'église sur la société séculière. Il excommunie l'empereur d'Allemagne Othon IV de Brunswick et fait élire à sa place Frédéric II de Hohenstaufen. Il excommunie également Jean sans Terre, roi d'Angleterre, en conflit avec l'archevêque de Canterbury. Il encourage enfin le roi de France, Philippe II Auguste, qui doit affronter l'empereur d'Allemagne Othon IV de Brunswick, les comtes de Flandre et de Boulogne et l'ineffable Jean sans Terre.

La victoire de Philippe Auguste à Bouvines consolide la monarchie capétienne et conduit Jean sans Terre à concéder la Grande Charte aux barons anglais. Mais déjà, les nationalités s'affirment plus fortes que la chrétienté oecuménique.

La grande querelle qui opposa théologiens mendiants et maîtres séculiers à partir de 1252, principalement à Paris, mendiants et évêques français après 1281, comporte des aspects pratiques, des aspects juridiques, mais aussi un aspect ecclésiologique*. Il s'agit de la légitimité d'une activité enseignante et pastorale (prédication, audition des confessions) pour les religieux. Nous trouvons d'un côté Guillaume de Saint-amour, Gérard d'Abbeville, Nicolas de Lisieux puis, plus tard et tenant des positions beaucoup plus modérées, Henri de Gand et Godefroid de Fontaines, du côté des Religieux, Bonaventure et Thomas, mais aussi Thomas d'York et Jean Peckham.

S'agissant surtout de la position concertée prise par les évêques français à partir de 1281, et des conciles nationaux de 1286 et 1289, on a justement discerné une première manifestation d'attitudes et de thèmes spécifiquement gallicans* : concertation d'un épiscopat qui prend conscience de sa solidarité, appui trouvé par cet épiscopat auprès des maîtres de l'Université (Henri de Gand) pour fonder le droit des évêques contre une toute-puissance papale discrétionnaire, enfin soutien du roi Philippe le Bel également intéressé à protéger son pouvoir contre les empiétements pontificaux.

Les religieux mendiants ont défendu la légitimité de leur activité (prédication, confessions avec la « juridiction » nécessaire) par le principe d'une mission reçue du pape dont le pouvoir est à la fois suprême et universel. Subsidiairement, les mendiants ont critiqué les prétentions des archidiacres et attaqué le droit divin des curés. Il existe des nuances entre eux : Thomas d'Aquin est soucieux de défendre l'autorité des évêques, Bonaventure exprime davantage une conception hiérarchique pyramidale de l'Église et l’absolu de la monarchie papale.

Au 13ème siècle, c'est dans son affrontement avec le pouvoir impérial que l'autorité papale a exprimé le plus fortement ses revendications : Grégoire IX et Innocent IV. Grégoire IX expose à « l'archevêque des Grecs », toute la théorie de la primauté, à partir de l'idée de caput, « in quo sensuum plenitudo consistit » et la thèse des deux glaives en son sens traditionnel, non hiérocratique. Grégoire exprime pourtant une conception ministérielle de l'Empire et il arguë de la Donation de Constantin pour son principat sur les choses matérielles et sur les corps. C'est sous Grégoire IX que Raymond de Peñafort acheva la compilation des Décrétales, en 1234. Non seulement le pape y apparaît comme seul législateur (« Innocentius in concilio generali.. ), mais la suppression des introductions, pour abréger le texte, enlève aux décisions portées leur allure concrète, pastorale, et accentue l'aspect juridique.

Innocent IV avait, de sa dignité, l'idée la plus haute : il disait légiférer « non par l'effet d'un effort humain de recherche, mais sous la motion d'une inspiration divine », « non humanae adinventionis studio, sed divinae potius aspirationis instinctu ». Il est le pape qui excommunia et déposa Frédéric II ; on lui attribue la bulle Aeger cui lenia qui justifie cette mesure. Il passe pour un hiérocrate caractérisé. Mais on a des raisons sérieuses de douter qu’Aeger cui lenia soit de la main d'Innocent (plutôt d'Albert de Beham). Soit comme canoniste, soit comme pape, Innocent distingue les deux fors, et pas seulement comme deux fonctions, mais comme deux domaines. Il y a tout de même, dans la pensée du pape, un germe de hiérocratie : il se dit vicaire du Christ en tant que le Christ, Fils de Dieu, possède éternellement le pouvoir sur les rois. Il y a là un manque évident de sens eschatologique* et de l'Economie salutaire. Thomas d'Aquin parlera tout autrement . Innocent rejoint la réalité en distinguant le pouvoir que le pape tient de jure et celui qu'il peut exercer de facto. Alanus Anglicus distinguait entre pouvoir possédé in habitu et in actu. Que, sans l'exercer ordinairement, le pape possède radicalement ou virtuellement la juridiction temporelle, fait qu'on peut en appeler à son jugement si le magistrat laïc est défaillant et s'il n'y a pas d'instance laïque supérieure à laquelle s'adresser.

Le conflit entre Frédéric II et Grégoire IX, puis Innocent IV, n'a guère donné lieu à une élaboration d'une philosophie laïque du pouvoir séculier, du côté gibelin. L'affrontement théorique entre tendance hiérocratique et thèse laïque ne se fera guère que sous Boniface VIII. Cependant l'opposition des seigneurs aux empiètements sacerdotaux n'a pas manqué, tout au long du 13ème Siècle, non plus que les nettes affirmations de dualité des domaines, en particulier de la part des légistes et dans les textes constitutionnels.

L'ecclésiologie sera orientée vers une affirmation d'autorité et de Potestas sacerdotale en face et au-dessus de la potestas royale. A cet égard-là, une autre protestation que celle des seigneurs laïcs existait dans la chrétienté, celle des sectes ou courants spirituels contre une conception cléricale, juridique, de l'Église, excessivement dominée par les revendications de puissance. Si l'idée de plenitudo potestatis suivait le développement qui devait aboutir à Boniface VIII et aux conséquences contre lesquelles Occam s'élèvera, on voit cependant s'affirmer au 13ème siècle, plus d'un fait ou d'une idée qui mettent une limite à l'absolu du pouvoir papal, au moins dans son exercice.

Quelles que soient en effet les conditions ou les restrictions mises à l'exercice de la plenitudo potestatis, quels que soient les gennes déjà présents de thèmes que développeront les conciliaristes du début du 15ème siècle, tout le mouvement d'idées du siècle va dans le sens de la monarchie papale telle que la formule en a été proposée dès 1267 par Clément IV à l'empereur Michel VIII Paléologue, et admise par celui-ci au concile de Lyon de 1274. Cette formule résume tout le développement acquis depuis Innocent IV et dans lequel les théologiens se sont joints aux canonistes : principatus universel de l'Église romaine, dans un sens de monarchie ecclésiastique (termes de primatus, principatus super, princeps =vertex, plenitudo potestatis) ; fonction de magistère suprême ; judicature suprême et universelle en ce qui relève du for ecclésiastique, y compris les « privilèges » patriarcaux.

Ce texte du concile d' « union » de 1274 reproduit celui que Clément IV avait envoyé le 4 mars 1267 pour définir la base sur laquelle Rome accepterait l'union. Il exprime, au moins sous son aspect juridique, la conscience ecclésiologique tant des théologiens que des canonistes du 13ème siècle. Pratiquement imposé à l'empereur Alexis, puis par celui-ci à son entourage et au clergé de Constantinople, il ne faisait pas droit à la conscience ecclésiologique byzantine. Et cependant, Nicolas III devait renchérir encore sur les exigences d'un alignement total et inconditionné sur les formules et les usages latins en 1278. Aussi l'union a-t-elle rencontré à Byzance, de même que le Filioque, une résistance décidée. L'union était dénoncée dès Pâques 1283. Les Latins ne connaissaient guère les Orientaux qu'à travers les controverses qui jalonnent le 13ème siècle. Manquant de connaissance de l'histoire, peu curieux et peu informés de la pensée des autres, ayant une confiance absolue dans leur formulation théologique et dans les raisonnements qui la fondaient, les Latins ont manqué d'ouverture à une tradition différente qui, de son coté, se fixait polémiquement.